總辦公室對內主要負責彙整及統合系統四校各行政單位工作圈各項子計畫經費及業務之規劃、執行、控管及考核；對外係辦理臺灣綜合大學系統系統主席、四校執行委員、諮詢委員之各項會議及活動，及協助辦理四校交流活動及競賽等。
